Отдел занимается разработкой кибернетических систем управления сложными биотехническими объектами (молочными фермами, птицефабриками, зернообрабатывающими предприятиями, пчеловодческими хозяйствами и др.) с корректируемой целью управления на многолетнем интервале времени путем адаптации структуры машинных технологий и автоматизированных систем управления предприятием (АСУП) к изменяющимся внешним условиям.
Отдел автоматизации организован в 1989г, зав. отделом д.т.н., профессор Р.М.Славин, с 1998г — д.т.н., профессор В.Р.Краусп.
В настоящее время в отдел входят следующие лаборатории:
В разное время в отделе функционировали лаборатории электрификации и автоматизации птицеводства, электрификации водоснабжения, роботизированных систем в АПК, нанотехнологий. Каждая лаборатория выполняла свой тематический план. Работа по общей проблеме для всего отдела начата с 2010г